BAB I
PENDAHULUAN
1.1 Pendahuluan
Penyakit infeksi
masih merupakan penyakit yang paling banyak diderita oleh penduduk di Negara
berkembang, termasuk Indonesia. Penyakit infeksi disebabkan oleh mikroba
patogen dan bersifat dinamis. Di Negara-negara berkembang penyakit infeksi
masih merupakan penyebab utama tingginya angka kesakitan (morbiditas) dan angka
kematian (mortalitas). Salah satu penyebab terjadinya penyakit infeksi adalah
bakteri oportunistik (Jawetz, 2008; Nadia, 2011; Radji M, 2011).
Bakteri
oportunistik merupakan bakteri yang hanya menyebabkan penyakit pada orang yang
mengalami penekanan imun yang lemah. Escherichi coli adalah salah satu contoh
bakteri oportunistik (Nadia, 2011).
Escherichia coli
merupakan bakteri enteric yang terdapat dalam usus dan biasanya ditemukan dalam
jumlah kecil sebagai flora normal dalam saluran pernafasan dan sistem alat
kelamin. Bakteri ini dikenal sebagai bakteri oportunis yang dapat menyebabkan
infeksi primer pada usus sekitar 5% - 10%, infeksi nosokomial di rumah sakit
dan juga infeksi saluran kencing pada wanita 90% (Jawetz et al., 2008; FKUI, 2002).
E. coli tergolong bakteri Gram Negatif, berbentuk
batang yang tidak membentuk spora, tidak tahan asam dan ukurannya 2−3 x 0,6 μm
(GORDON dan JORDAN, 1982). Bakteri ini dapat ditemukan pada berbagai infeksi
pada hewan dan merupakan agen primer atau sekunder dari infeksi tersebut.
Berdasarkan penyakit yang ditimbulkannya, dapat digolongkan menjadi dua
kelompok. Pertama, E. coli yang bersifat oportunistik, artinya dapat
menyebabkan penyakit dalam keadaan tertentu, misalnya kekurangan makanan atau
mengikuti penyakit lain. Kedua, bersifat enteropatogenik/ enterotoksigenik, E.
coli yang mempunyai antigen perlekatan dan memproduksi enterotoksin
sehingga dapat menimbulkan penyakit. (LAY dan HASTOWO, 1992).
Faktor virulensi E.
coli dipengaruhi oleh ketahanannya terhadap pagositosis, kemampuan
perlekatan terhadap epitel sel pernafasan dan ketahanannya terhadap daya bunuh
oleh serum. E. coli yang patogen ini mempunyai struktur dinding sel yang
disebut “pili”, yang tidak ditemukan pada serotype yang tidak patogen
(TABBU, 2000), dan “pili” inilah yang berperan dalam kolonisasi (LAY dan
HASTOWO, 1992).
Ada tiga macam
struktur antigen yang penting dalam klasifikasi E. coli yaitu, antigen O
(Somatik), antigen K (Kapsel) dan antigen H (Flagella) (GUPTE,
1990; LAY dan HASTOWO, 1992). Determinan antigen (tempat aktif suatu antigen) O
terletak pada bagian liposakarida, bersifat tahan panas dan dalam
pengelompokannya diberi nomor 1,2,3 dan seterusnya.
Antigen K
merupakan polisakarida atau protein, bersifat tidak tahan panas dan
berinterferensi dengan aglutinasi O, sedangkan antigen H mengandung protein,
terdapat pada flagella yang bersifat termolabil. Pada saat ini telah diketahui
ada 173 grup serotype antigen O, 74 jenis antigen K dan 53 jenis antigen H
(BARNES dan GROSS, 1997).
Dalam pencegahan
penularan penyakit perlu dilakukan upaya pengendalian dan pengobatan terhadap
penyebab penyakit infeksi tersebut. Adapun upaya pengendalian penyakit infeksi
ini diawali dengan melakukan identifikasi bakteri secara benar dan tepat.
Identifikasi di laboratorium meliputi pemeriksaan secara mikroskopis, kultur,
uji serologi dengan hewan coba, dan uji biokimia (Shulman T.S., et al., 1994; FKUB, 2003; Pelczar J.M
dan Chan, 2005).
1.2
Teori Dasar
Isolasi mikroba merupakan upaya
pembiakkan suatu jenis mikroba tertentu yang diperoleh dari suatu sampel di
dalam suatu media yang spesifik, sehingga selanjutnya dapat dilakukan
identifikasi dan konfirmasi. Setiap mikroba memiliki kebutuhan akan zat
pertumbuhan yang spesifik sehingga hal ini dapat dijadikan acuan dalam
pemilihan media untuk isolasi, identifikasi dan konfirmasi.
Media spesifik yaitu media yang
digunakan unutk mendiagnosis atau menganalisis metabolisme suatu mikroba.
Contohnya adalah Koser’s Citrate medium, yang digunakan untuk
menguji kemampuan menggunakan asam sitrat sebagai sumber karbon.
Identifikasi mikroba yaitu Untuk
mengetahui sifat-sifat morfologi bakteri, maka bakteri dapat diperiksa dalam
keadaan hidup atau mati. Pemeriksaan morfologi bakteri ini perlu, untuk
mengenal nama bakteri. Disamping itu juga perlu pengenalan sifat-sifat
fisiologisnya bahkan sifat-sifat fisiologis ini kebanyakan merupakan faktor
terentu dalam mengenal nama spesies suatu bakteri. Sedangkan konfirmasi
mikroba yaitu untuk mengetahui jenis bakteri dan koloninya. Konfirmasi
jenis bakteri dapat menggunakan berbagai pewarnaan, reaksi ensimatis atau
reaksi biokimia, terutama jika identifikasi menggunakan media masih meragukan/belum
memuaskan.
Pada umumnya media yang digunakan untuk
membiakkan mikroba mengandung air, sumber energi (protein dan karbohidrat), zat
hara (sumber karbon, nitrogen, sulfur, fosfat, oksigen dan hidrogen),
serta faktor penunjang pertumbuhan (seperti asam amino, vitamin).
Suatu media yang memenuhi kebutuhan
mikroba untuk bertahan hidup dan melakukan aktivitasnya secara normal
diperlukan untuk melakukan isolasi jenis mikroba tertentu. Setiap media
spesifik memiliki kandungan senyawa tertentu yang dapat mendukung pertumbuhan
mikroba tertentu tetapi menghambat pertumbuhan jenis mikroba lainnya. Sebagai
contoh Media MCA ( Mac Conkey Agar) mengandung zat warna yang dapat menghambat
pertumbuhan bakteri Gram Positif, sedangkan bakteri Gram Negatif tetap tumbuh.
1.3 Tujuan Percobaan
Dapat memahami prinsip isolasi,
identifikasi, dan konfirmasi mikroba, serta dapat melakukannya dengan baik.
1.4 Manfaat Percobaan
Metode yang telah dilakukan dapat
digunakan sebagai acuan dalam proses isolasi, identifikasi, dan konfirmasi
mikroba selanjutnya.
BAB II
MATERI DAN METODA
2.1
Alat dan Bahan
Alat
yang digunakan selama percobaan adalah tabung reaksi steril, rak tabung reaksi,
pinset, ose bundar dan lurus, pipet ukur 5 dan 10 cm, bunsen, inkubator 37oC,
gunting bedah, spuit 3 cc.
Bahan
yang digunakan selama percobaan adalah biakan bakteri Escherichia coli, marmot dewasa sehat sebagai hewan coba, media
agar antara lain Blood Agar (BA), Mac
Conkey Agar (MCA), dan Eosin Methilen Blue Agar (EMBA), organ mencit yang
akan diperiksa.
2.2
Prosedur Percobaan
2.2.1 Inokulasi pada hewan coba
Biakan
bakteri Salmonella umur 24 jam disuspensikan dalam aquadest steril. Jumlah
bakteri yang tersuspensikan disetarakan dengan Mc Farland 3. Suspensi bakteri
diinokulasikan secara per oral sebanyak 3 ml menggunakan spuit 3 ml.
2.2.2 Pengamatan gejala klinis
Pengamatan
terhadap hewan coba dilakukan selama 7 hari setelah diinokulasi menggunakan
bakteri Escherichia coli untuk
melihat adanya gejala spesifik terhadap infeksi Escherichia coli. Hasil yang ada dicatat.
2.2.3 Pengamatan perubahan patologi
anatomi organ
Setelah
7 hari pasca inokulasi, marmut di euthanasia menggunakan larutan chloroform,
kemudian dibedah, diamati perubahan yang ada, dan di catat.
2.2.4 Sampel
Organ
visceral (paru-paru, jantung, dan hati marmut dikoleksi secara aseptis untuk
menghindari pencemaran dan diusahakan selama pengambilan dalam kondisi dingin, organ
dimasukkan kedalam tabung reaksi yang berisi media penumbuh dan diberi
identitas organ. Organ di homogenisasi dengan cara menggerus hingga lembut
kemudian suspensinya di ambil 1-2 ose dan ditanam pada media Blood Agar (BA), Mac Conkey Agar (MCA), dan
Eosin Methilen Blue Agar (EMBA), kemudian diinkubasi 37oC selama
24 jam. Lakukan pengamatan koloni.
2.3
Prosedur Uji Bakteriologis
2.3.1 Pengamatan morfologi koloni
bakteri
Dilakukan pengamatan terhadap morfologi koloni-koloni
bakteri yang tumbuh pada media plate agar.
2.3.2 Uji morfologi
Uji morfologi dilakukan dengan melakukan uji
KOH dan pewarnaan gram dari setiap koloni Escherichia coli terduga. Pemeriksaan
menggunakan larutan KOH 3 % berguna untuk memperjelas pemeriksaan pewarnaan
gram. KOH dinyatakan positif jika terdapat lendir atau gel, sehingga termasuk
bakteri gram negatif. Apabila tidak terdapat lendir atau gel maka dinyatakan
bakteri gram positif (KOH(-) ). Prosedur pewarnaan gram, gelas objek di
bersihkan dengan alkohol dan di fiksir di atas api. Ambil koloni kuman dengan
ose lalu buat suspensi di atas objek glas dan biarkan mengering atau fiksir di
atas api. Tuangkan larutan kristal Violet pada sediaan dan biarkan 1 menit
kemudian di cuci atau di bilas dengan air mengalir. Tuangkan larutan lugol
iodine dan biarkan di atas selama 1 menit. Cucilah objek glas dengan alkohol
96% dengan cara menggoyangkan sambil sedikit di bilas dengan air mengalir
hingga warna yang berlebih terbilas. Tuangkan larutan safranin dan biarkan
selama 1 menit. Bilas kembali dengan air lalu keringkan dan lihat di bawah
mikroskop. Biakkan. Umur 24 'jam berwarna biru/gram positif bentuk bulat
berpasangan atau kelompok seperti buah anggur.
2.3.3 Uji Biokimia
Uji biokimia termasuk dalam media identifikasi
yang berguna untuk membandingkan sifat bakteri agar dapat meneguhkan diagnosa
atau bakteri penyebab penyakit. Pelaksanaannya dengan cara menanam bakteri pada
media yang telah disiapkan dengan cara menggunakan ose steril, kemudian
diinkubasi selama 18-24 jam lalu diamati perubahan yang terjadi.
2.3.3.1 Sulfide Indol Motility (SIM)
Inokulasikan 1 ose dari Plate Count Agar (PCA) miring ke dalam tryptone
Broth inkubasi selama 24 jam ± 2 jam pada suhu 35oC +1oC.
Uji Indol dilakukan dengan menambahkan 0,2 ml – 0,3 ml pereaksi Kovacs.
Reaksi positif jika terbentuk cincin merah pada lapisan bagian atas media dan
negatif bila terbentuk cincin warna kuning.
Prinsip
: Mengetahui motilitas organisme, adanya pembebasan H2S (sulfide) dan
mengetahui adanya pembentukan indol. Hasil :
Adanya H3S ditunjukkan dengan perubahan warna menjadi hitam pada
bagian dasar. Motilitas diketahui dari keruhnya media dan adanya penyebaran ke
atas ( mirip pohon cemara terbalik ). Adanya indol terlihat berupa cincin merah
beberapa detik sampai 5 menit setelah penambahan 1 ml chloroform dan beberapa
tetes reagen Kovac.
2.3.3.2
Uji Reaksi Metyl Red-VP (Voges Proskauer)
Inokulasikan bakteri ujipada media MRVP dan
inkubasikan pada pada suhu 37°C selama 24 jam. Setelah inkubasi media menjadi
keruh lalu di tambahkan peubah atau reagen dengan urutan sbb :
Uji MR
dengan cara menambahkan 2 tetes reagen methyl red lalu kocok beberapa kali.
Reaksi positif di tandai perubahan warna menjadi merah.
Uji VP
dengan media yang sama setelah uji MR di lanjutkan dengan uji VP dengan
menambahkan 0,6 ml alpha naphtol soln dan 0,2 ml KOH 40% aq soln, kemudian
kocok sedikit reaksi di tunggu mulai 20 sampai 30 menit, lihat perubahan warna,
reaksi positif di tandai perubahan warna menjadi merah.
Prinsip MR adalah mengetahui terbentuknya asam
kuat. Hasil : Terbentuknya asam ditunjukkan dengan terjadi perubahan warna dari
orange menjadi merah setelah ditetesi ragen MR. Prinsip VP adalah mengetahui terbentuknya asetil methil
karbinol. Hasil : Terbentuknya asetil methil karbinol terlihat dengan adanya
perubahan dari orange menjadi merah setelah ditetesi KOH dan α-naftol.
2.3.3.3 Uji sitrat
Goreskan 1 ose dari PCA miring ke permukaan Simmon Citrat Agar. Inkubasi selama 96
jam + 2 jam pada suhu 35oC +1oC.
Reaksi positif jika terjadi pertumbuhan dan media berubah warna menjadi biru,
reaksi negatif jika tidak ada pertumbuhan dan media tetap hijau.
Prinsip : Mengetahui kemampuan organisme untuk
menggunakan sitrat sebagai sumber karbon utama. Hasil : pertumbuhan bakteri dapat terlihat
dengan adanya perubahan warna dari hijau menjadi biru.
2.3.3.4
Produksi gas dari laktosa
Inokulasikan
1 ose dari plate agar miring kedalam LTB. Inkubasi selama 48 jam ± 2 jam pada
suhu 35oC +1oC, reaksi positif jika menghasilkan gas pada
tabung durham.
2.3.3.5 TSIA
Dengan menggunakan ose
steril diambil biakan dari EMBA, lalu ditaman pada media TSIA dengan cara
ditusukkan sampai ke dasar tabung, kemudian digores secara zig-zag pada
permukaannya. Diinkubasikan pada suhu 37oC selama 24 jam. Diamati
perubahan pada media.
Prinsip
: Bakteri yang tergolong Enterobacteriaceae
dapat memfermentasi karbohidrat (Glukosa, Laktosa, Sukrosa). Hasil : Berwarna kuning (bersifat asam ) pada
bagian tegak dan miring sehingga bakteri dapat memfermentasi karbohidrat,
berwarna hitam dapat memproduksi H2S (+), dan terbentuk gas didasar
tabung.
2.3.3.6 Urease
Prinsip
: Sebagian bakteri menghasilkan enzim urease yang dapat menguraikan urea
sehingga bersifat alkalis atau basa (berwarna merah). Hasil : Terjadi perubahan warna dari merah
mudah ke merah keunguan.
2.3.4
Uji gula-gula
Prinsip : Mengetahui kemampuan
organisme memfermentasi gula.
Hasil :
· Glukosa : (+) Kuning / terjadi perubahan
warna
· Laktosa : (+) Kuning / terjadi perubahan warna
· Sukrosa : (+) Kuning / terjadi perubahan warna
· Maltosa : (+) Kuning / terjadi perubahan warna
· Manitol : (+) Kuning / terjadi perubahan warna
BAB III
HASIL DAN PEMBAHASAN
3.1 Gejala Klinis
Pengamatan secara klinis marmut yang telah
diinfeksi bakteri Escherichia coli selama tujuh hari tidak menampakkan adanya
gejala klinis bahkan terlihat sehat. Setelah di lakukan pembedahan, secara
patologi anatomi juga tidak menunjukkan perubahan yang berarti pada organ
visceralnya.
3.2 Koloni Sampel
Hasil penanaman sampel (hati, paru-paru, dan
jantung) pada media agar (Blood Agar,
Manitol Salt Agar, dan Eosin Methylen Blue Agar) untuk penegakan diagnosa menunjukkan bahwa
koloni yang tumbuh pada media Blood Agar dan
Mac Conkey Agar bukan koloni Escherichia coli, sedangkan koloni yang
tumbuh merupakan koloni Escherichia coli.
Berikut adalah ciri koloni Escherichia
coli yang tumbuh pada masing-masing media plate agar :
a. Blood
Agar : Koloni sedang, abu-abu, smooth, keeping, dan non
hemolitik
b. Mac
Conkey Agar : Koloni sedang, merah bata, methalik, smooth, keping
atau sedikit cembung.
c.
Eosin Methylen Blue Agar : Koloni sedang, smooth, keping, hijau methalik.
3.3 Uji Morfologi
Bakteri yang dibiakan pada media EMBA dari sampel
termasuk gram negative karena terdapat bentukan lender atau gel (KOH +) pada
uji KOH. Bakteri Escherichia Coli
merupakan kuman dari kelompok gram negatif, berbentuk batang dari pendek sampai
kokus, saling terlepas antara satu dengan yang lainnya tetapi ada juga yang
bergandeng dua-dua (diplobasil) dan ada juga yang bergandeng seperti rantai
pendek, tidak membentuk spora maupun kapsula, berdiameter ± 1,1 – 1,5 x 2,0 –
6,0 µm.
3.4 Uji Biokimia
Untuk mengetahui apakah bakteri gram
negatif yang tumbuh pada media EMBA merupakan bakteri Escherichia coli,
kemudian dilanjutkan dengan menggunakan media TSIA, SIM, SCA, Urease, dan
MR-VP. Berdasarkan hasil uji biokimia maka dapat dikemukakan hasil sebagai
berikut :
Keterangan :
·
Uji TSIA
Asam pada bagian tegak dan
miring, artinya glukosa, laktosa dan atau sukrosa difermentasi, gas terbentuk,
dan tidak menghasilkan H2S.
·
Uji SIM
Tidak terbentuk
adanya H2S karena tidak terjadi perubahan warna hitam pada bagian
dasar. Motilitas, karena medianya menjadi
keruh dan terdapat penyebaran ke atas (mirip pohon cemara terbalik). Terbentuk
indol karena terlihat adanya cincin merah pada bagian atas media.
·
Uji SCA
Mampu membentuk
sitrat karena dapat terlihat adanya perubahan warna media dari hijau menjadi
biru. Artinya bakteri tersebut mampu menghasilkan sitrat sebagai sumber karbon
utama.
·
Uji
Urease
Mampu
menghasilkan enzim urease karena terjadi perubahan warna media dari merah muda
ke merah keunguan. Artinya bakteri tersebut dapat menghasilkan enzim urease yang
dapat menguraikan urea sehingga bersifat alkalis atau basa.
3.5 Uji Gula-gula
Selain diuji dengan uji
biokimia, bakteri-bakteri yang bersifat gram negatif perlu juga diuji dengan
uji gula-gula untuk mengetahui kemampuan fermentasi bakteri terhadap gula.
Sampel yang diuji pada uji gula-gula sampel dari EMBA, SSA dan MCA. Hasil uji
gula-gula dapat dilihat pada tabel dibawah ini :
Uji gula-gula menunjukkan reaksi positif dengan
warna berubah menjadi kuning dan menghasilkan gas. Ini menunjukkan bahwa
bakteri ini mampu memfermentasikan karbohidrat. Indikator Brom-Cresol Purple
digunakan untuk mengetahui adanya pembentukkan asam dan tabung Durham digunakan
untuk mengetahui apakah bakteri tersebut menghasilkan gas atau tidak.
BAB IV
KESIMPULAN DAN SARAN
4.1 KESIMPULAN
·
Isolasi
mikroba merupakan upaya pembiakkan suatu jenis mikroba tertentu yang diperoleh
dari suatu sampel di dalam suatu media yang spesifik, sehingga selanjutnya
dapat dilakukan identifikasi dan konfirmasi.
·
Identifikasi
mikroba yaitu Untuk mengetahui sifat-sifat morfologi bakteri, maka bakteri
dapat diperiksa dalam keadaan hidup atau mati. Pemeriksaan morfologi bakteri
ini perlu, untuk mengenal nama bakteri.
·
Sedangkan
konfirmasi mikroba yaitu untuk mengetahui jenis bakteri dan koloninya.
Konfirmasi jenis bakteri dapat menggunakan berbagai pewarnaan, reaksi ensimatis atau reaksi biokimia, terutama jika
identifikasi menggunakan media masih meragukan/belum memuaskan.
4.2 SARAN
·
Dosis
mikroba yang diberikan diperbanyak agar gejala klinis dan perubahan
patologi-anatomi pasca pembedahan dapat teramati.
·
Diperlukan
penggerusan terhadap sampel organ yang akan diamati, agar pada saat ditanam
pada media plate agar didapat mikroba yang lebih banyak sehingga mampu tumbuh
pada media plate agar.
·
Beberapa
uji biokimia lain yang belum dilakukan perlu juga dikerjakan untuk memperkuat
peneguhan diagnosa.